โปรตีน A จาก Staphylococcus aureus strain Cowan I นิยมใช้ในงานทางชีววิทยาโมเลกุลและอิมมูโนวิทยา เนื่องจากมีความสามารถในการจับกับ Fc region ของแอนติบอดี IgG ได้อย่างจำเพาะ จึงถูกนำมาใช้ในกระบวนการคัดแยกและทำให้บริสุทธิ์ของแอนติบอดีจากตัวอย่างทางชีวภาพ เช่น เซรุ่มหรือของเหลวในเซลล์ นอกจากนี้ยังใช้ในเทคนิค immunoaffinity chromatography เพื่อแยกแอนติบอดีที่ต้องการออกจากส่วนประกอบอื่นๆ ในตัวอย่าง อีกทั้งโปรตีน A ยังถูกใช้ในงานวิจัยทางวิทยาศาสตร์เพื่อศึกษาปฏิสัมพันธ์ระหว่างแอนติบอดีและแอนติเจน รวมถึงการประยุกต์ใช้ในเทคนิคทางอิมมูโนวิทยา เช่น ELISA, flow cytometry และ immunoprecipitation เพื่อช่วยในการวิเคราะห์และตรวจสอบโปรตีนเป้าหมายในตัวอย่างทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังมีการใช้ในอุตสาหกรรมเพื่อผลิตแอนติบอดีสำหรับการวินิจฉัยโรคและการรักษาทางการแพทย์