สารนี้ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยทำหน้าที่เป็นอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน โดยเฉพาะสำหรับการนำกรดอะมิโนที่มีหมู่อะดามันทัน (adamantyl-containing amino acids) เข้าสู่โซ่เปปไทด์ หมู่ Fmoc ช่วยให้การป้องกันที่ไวต่อเบสอ่อน สามารถใช้งานร่วมกับกลยุทธ์การสังเคราะห์แบบเฟสแข็ง (solid-phase synthesis strategies) ได้ หมู่ข้างอะดามันทันที่ใหญ่และหนักช่วยเพิ่มความเป็นน้ำมันสูง (high hydrophobicity) และความแข็งแรงทางโครงสร้าง (structural rigidity) ทำให้มีคุณค่าในการออกแบบเปปไทด์ที่มีโครงสร้างจำกัดการเคลื่อนไหว (conformationally constrained peptides)

มักถูกนำมาใช้ในเคมียารักษา (medicinal chemistry) สำหรับการพัฒนายับยั้งเอนไซม์ (enzyme inhibitors) หรือตัวปรับตัวรับ (receptor modulators) โดยที่ความใหญ่ของหมู่ข้าง (steric bulk) มีผลต่อกิจกรรมทางชีวภาพ นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์เลียนแบบ (peptidomimetics) และโมเลกุลชีวกิจกรรมที่ต้องการความเสถียรทางเมแทบอลิซึมที่เพิ่มขึ้น (enhanced metabolic stability) และการซึมผ่านเยื่อหุ้มเซลล์ (membrane permeability) หมู่ Fmoc (9H-Fluoren-9-ylmethoxycarbonyl) สามารถป้องกันหมู่อะมิโนของกรดอะมิโนได้อย่างมีประสิทธิภาพ และสามารถถอดหมู่ป้องกันออกได้ง่ายภายใต้สภาวะเบสอ่อน เช่น ใช้พิเพอริดีน ซึ่งไม่ทำลายพันธะเปปไทด์หรือหมู่ป้องกันอื่นๆ ที่ไวต่อกรด