Penicillin Amidase จาก Escherichia coli ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมสำหรับการผลิตยาปฏิชีวนะกึ่งสังเคราะห์ มันมีบทบาทสำคัญในการไฮโดรไลซิสทางเอนไซม์ของเพนิซิลลิน G เพื่อผลิต 6-อะมิโนเพนิซิลลานิกแอซิด (6-APA) ซึ่งเป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์อนุพันธ์เพนิซิลลินต่างๆ เอนไซม์นี้ยังถูกใช้ในการสังเคราะห์เซฟาโลสปอรินส์ ซึ่งเป็นอีกหนึ่งกลุ่มยาปฏิชีวนะที่สำคัญ ความจำเพาะและประสิทธิภาพของมันทำให้มีคุณค่าในกระบวนการชีวแปลงสาร สามารถผลิตสารประกอบเภสัชกรรมที่มีความบริสุทธิ์สูง นอกจากนี้ยังถูกนำมาใช้ในการวิจัยและพัฒนาสำหรับการศึกษากิเนติกส์ของเอนไซม์และวิศวกรรมโปรตีนเพื่อปรับปรุงคุณสมบัติการเร่งปฏิกิริยาสำหรับการใช้งานในอุตสาหกรรม