Cyanine5 NHS ester ใช้กันอย่างแพร่หลายในการไบโอคอนจูเกชันเพื่อติดฉลากโมเลกุลชีวภาพ เช่น โปรตีน เพปไทด์ และแอนติบอดี กลุ่มเอสเทอร์ NHS ของมันทำปฏิกิริยากับอะมีนปฐมภูมิ (เช่น ไลซีน) ภายใต้สภาวะอ่อนโยน สร้างพันธะอะไมด์ที่เสถียร ทำให้เหมาะสำหรับการติดฉลากด้วยฟลูออเรสเซนต์ในงานประยุกต์ เช่น กล้องจุลทรรศน์ฟลูออเรสเซนต์ การไหลของเซลล์ และอิมมูโนฮิสโตเคมีสตรี Cyanine5 ส่งแสงในย่านแฟร์-เรด (~670 นาโนเมตร) ซึ่งช่วยให้มีพื้นหลังฟลูออเรสเซนต์ต่ำและเข้ากันได้กับตัวกรองแสงที่ใช้กันทั่วไป ยังใช้ในงานทดสอบมัลติเพล็กซ์ที่ต้องการฟลูออโรโฟร์หลายตัว เนื่องจากคุณสมบัติสเปกตรัมที่แตกต่างกัน นอกจากนี้ ยังใช้ในการถ่ายภาพในร่างกายและการติดฉลากกรดนิวคลีอิกเมื่อคอนจูเกตกับโอลิโกนิวคลีโอไทด์ ความสว่างและความเสถียรต่อแสงของสีย้อมช่วยเพิ่มความไวในการตรวจจับในงานทดลองชีวภาพต่างๆ