ควินาครินไดไฮโดรคลอไรด์ ใช้หลักในการรักษาและป้องกันโรคมาลาเรีย โดยเฉพาะกรณีที่เชื้อดื้อยาชนิดอื่นๆ โดยออกฤทธิ์รบกวนการเจริญเติบโตของปรสิตในเม็ดเลือดแดง ทำให้เป็นส่วนสำคัญในการจัดการโรคมาลาเรีย นอกจากนี้ยังใช้รักษาโรคไการ์เดียสิส (giardiasis) ซึ่งเป็นการติดเชื้อปรสิตโปรโตซัวในลำไส้เล็กจาก Giardia lamblia บางครั้งนำมาใช้รักษาโรคภูมิต้านทานเนื้อเยื่อตนเอง เช่น โรคลูปัสเอริเทมาโตซัส (Systemic Lupus Erythematosus: SLE) เนื่องจากมีคุณสมบัติลดการอักเสบและปรับระบบภูมิคุ้มกัน ในงานวิจัย ใช้เป็นสีย้อมเรืองแสงสำหรับวิเคราะห์โครโมโซม และศึกษาการยับยั้งการแปลงโปรตีนพรีออนในโรคพรีออน นอกจากนี้ยังมีการศึกษาการใช้ยับยั้งการแพร่กระจายของเซลล์มะเร็งบางชนิดผ่านการยับยั้งโทโปไอโซเมอเรส ความหลากหลายทำให้มีคุณค่าในทั้งการรักษาและการทดลอง อย่างไรก็ตาม การใช้ควรอยู่ภายใต้การดูแลของแพทย์เนื่องจากอาจมีผลข้างเคียง