d-Atabrine dihydrochloride ถูกใช้เป็นยาต้านมาลาเรียที่มีประสิทธิภาพในการรักษาและป้องกันโรคมาลาเรีย โดยเฉพาะในกรณีที่เชื้อ Plasmodium falciparum มีความต้านทานต่อยาชนิดอื่น โดยรบกวนความสามารถของปรสิตในการเผาผลาญและแบ่งตัวภายในโฮสต์ นอกจากนี้ยังมีการใช้ในการรักษา giardiasis ซึ่งเป็นการติดเชื้อในลำไส้จากปรสิต และใช้ในคุณสมบัติต้านการอักเสบสำหรับภาวะภูมิต้านตนเอง เช่น โรคลูปัสเอริเทมาโตซัส นอกจากนี้ ยังใช้เป็นสีย้อมเรืองแสงในงานวิจัยทางชีววิทยา เพื่อช่วยในการมองเห็นส่วนประกอบของเซลล์ภายใต้กล้องจุลทรรศน์ อย่างไรก็ตาม การใช้ยานี้ต้องอยู่ภายใต้การดูแลของแพทย์ เนื่องจากอาจมีผลข้างเคียง เช่น คลื่นไส้ ปวดศีรษะ และการเปลี่ยนสีผิวชั่วคราว