ใช้เป็นยาต้านเชื้อปรสิต โดยเฉพาะในการรักษาโรคมาลาเรียมาก่อน โดยเฉพาะในช่วงสงครามโลกครั้งที่สองเมื่อขาดแคลนควินีน แม้ปัจจุบันจะเลิกใช้ในทางนี้แล้ว เนื่องจากมียาอื่นที่มีประสิทธิภาพและปลอดภัยกว่า แต่ยังมีการนำมาใช้ในการรักษาการติดเชื้อปรสิตบางชนิด เช่น โรคพยาธิไกardia (giardiasis) และการติดพยาธิตัวตืด นอกจากนี้ยังมีการนำมาใช้ในทางการแพทย์อื่นๆ เช่น การรักษาโรคพุพอง หรือโรคผิวหนังบางชนิดที่เกิดจากระบบภูมิคุ้มกันทำงานผิดปกติ เช่น ลูปัส (SLE) โดยมีการศึกษาว่าควินาครีนอาจมีฤทธิ์ต้านการอักเสบและใช้ร่วมกับยาอื่นในการรักษาโรคเหล่านี้ อีกทั้งยังถูกใช้ในงานวิจัยทางชีววิทยาและการแพทย์ เช่น การย้อมสีเรืองแสงสำหรับดีเอ็นเอ เพื่อการสังเกตโครโมโซมในเซลล์วิทยาและเซลล์ชีววิทยา นอกจากนี้ยังมีการวิจัยศักยภาพในการรักษาโรคภูมิต้านตนเอง เช่น ลูปัส และคุณสมบัติต้านมะเร็งในทางทดลอง เนื่องจากสามารถแทรกตัวเข้าไปในดีเอ็นเอและยับยั้งเอนไซม์ topoisomerases นอกจากนี้ยังใช้เป็นยาเสริมในกระบวนการ pleurodesis เพื่อป้องกันน้ำในเยื่อหุ้มปอดเกิดซ้ำ