ใช้เป็นยาต้านเชื้อปรสิต โดยเฉพาะในการรักษาโรคมาลาเรียในอดีต แม้ปัจจุบันจะไม่ค่อยใช้เป็นยาหลักในการรักษามาลาเรียแล้ว แต่ยังมีการใช้ในบางกรณีที่เชื้อดื้อยา นอกเหนือจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการรักษาโรคพยาธิใบไม้ตับ โดยเฉพาะในประเทศที่ยังไม่มีทางเลือกของยาอื่นมากนัก นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาการใช้ควินาครีนในงานวิจัยด้านโรคแพ้ภูมิตัวเอง เช่น โรคเลปโตสไปโรซิส และโรคแพ้ภูมิตัวเองบางชนิด เนื่องจากมีฤทธิ์ในการปรับระบบภูมิคุ้มกัน ยังมีการใช้ในห้องปฏิบัติการเพื่อการย้อมสีโครโมโซมและตรวจสอบวัสดุทางพันธุกรรม เนื่องจากสามารถจับกับดีเอ็นเอและเรืองแสงภายใต้กล้องจุลทรรศน์แบบฟลูออเรสเซนซ์