กรดเมตาฟอสฟอริกใช้หลักๆ ในอุตสาหกรรมอาหารเป็นสารจับเชลาตและอิมัลซิไฟเออร์ ช่วยในการคงตัวและปรับปรุงเนื้อสัมผัสของผลิตภัณฑ์อาหารต่างๆ นอกจากนี้ยังใช้ในกระบวนการบำบัดน้ำเพื่อควบคุมการเกิดคราบตะกรันและการกัดกร่อนในท่อและหม้อต้ม ในภาคเภสัชกรรม ทำหน้าที่เป็นสารช่วยในสูตรยาบางชนิด ช่วยในการคงตัวของส่วนประกอบหลัก นอกจากนี้ยังใช้ในการผลิตน้ำยาล้างและสารทำความสะอาด โดยทำหน้าที่เป็นสารจับเชลาตเพื่อจับไอออนโลหะและเพิ่มประสิทธิภาพการทำความสะอาด ความสามารถในการสร้างคอมเพล็กซ์กับไอออนโลหะทำให้มีประโยชน์ในเคมีวิเคราะห์สำหรับการไทเทรชันและเป็นสารเคมีในห้องปฏิบัติการ