กรดเพอร์ไอโอดีกใช้อย่างแพร่หลายในเคมีอินทรีย์สำหรับการตัดออกซิเดชันของไดออลวิซินัล โดยแปลงเป็นอัลดีไฮด์หรือคีโตน ปฏิกิริยานี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในเคมีคาร์โบไฮเดรตสำหรับการกำหนดโครงสร้างของน้ำตาล นอกจากนี้ยังใช้ในฮิสโตโลจีเป็นสารย้อมสีเพื่อระบุโพลีแซคคาไรด์ เช่น ไกลโคเจน ในตัวอย่างเนื้อเยื่อ ในวิทยาศาสตร์วัสดุ กรดเพอร์ไอโอดีกถูกนำมาใช้ในการปรับเปลี่ยนพื้นผิวโดยการออกซิไดซ์กลุ่มฟังก์ชันเฉพาะ เพื่อเพิ่มคุณสมบัติการยึดเกาะ นอกจากนี้ยังทำหน้าที่เป็นสารออกซิไดซ์ที่แรงในกระบวนการสังเคราะห์ต่างๆ รวมถึงการเตรียมยาและเคมีภัณฑ์ละเอียด ความสามารถในการออกซิไดซ์แบบเลือกเฉพาะทำให้เป็นเครื่องมือที่หลากหลายทั้งในงานวิจัยและการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรม