กรดไตรฟลูออโรมีเทนซัลโฟนิกถูกใช้อย่างแพร่หลายเป็นตัวเร่งปฏิกิริยาสูงสุด (superacid) ในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ เนื่องจากมีความเป็นกรดสูงและความเสถียรภาพดี มีประสิทธิภาพสูงในการส่งเสริมปฏิกิริยา เช่น การเอสเทอริฟิเคชัน การอัลคิเลชัน และการพอลิเมอร์ไรเซชัน ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม ทำหน้าที่เป็นตัวเร่งในการสังเคราะห์โมเลกุลซับซ้อนและสารกลาง ในอุตสาหกรรมเคมีภัณฑ์พิเศษและพอลิเมอร์ ความสามารถในการสร้างคาร์โบเคชันที่ทำปฏิกิริยาสูงเป็นประโยชน์ นอกจากนี้ ยังนำไปใช้ในไฟฟ้าเคมีเป็นส่วนประกอบอิเล็กโทรไลต์ในเซลล์เชื้อเพลิงและแบตเตอรี่ เนื่องจากมีค่าการนำโปรตอนสูงและความเสถียรทางความร้อน การใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์และเป็นตัวทำละลายในปฏิกิริยาบางอย่าง ยังแสดงให้เห็นถึงความหลากหลายในกระบวนการเคมี