ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในการสร้างสารตั้งต้นสำหรับผลิตภัณฑ์ยาหรือสารชีวภาพ เนื่องจากหมู่คลอไรด์มีความไวต่อการเกิดปฏิกิริยาสูง ทำให้สามารถทำปฏิกิริยากับสารที่มีหมู่ -OH หรือ -NH2 ได้ง่าย เช่น การอะซิลเลชันของแอลกอฮอล์หรืออะมีน ส่งผลให้เกิดเอสเทอร์หรือแอมไลด์ ซึ่งเป็นโครงสร้างสำคัญในหลายสารออกฤทธิ์ นอกจากนี้ โครงสร้างที่มีหมู่อีเทอร์คู่ยังช่วยเพิ่มความสามารถในการละลายน้ำของสารผลิตภัณฑ์ ทำให้เหมาะสมกับการใช้ในระบบชีวภาพ