ฟลูออไรด์ซัลโฟนอิมีดอยล์เป็นสารเคมีสำคัญในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ ช่วยในการนำกลุ่มฟังก์ชันซัลโฟนอิมีดอยล์เข้าไปในโครงสร้างโมเลกุล สารเหล่านี้จำเป็นสำหรับการสร้างกรอบซัลเฟอร์-ไนโตรเจน ซึ่งใช้กันทั่วไปในการพัฒนาโมเลกุลชีวภาพสำหรับการวิจัยทางเคมีและชีววิทยา