Fmoc-β-Ala-OPfp ใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) เนื่องจากกลุ่ม Fmoc (Fluorenylmethyloxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันที่สามารถถอดออกได้ง่ายด้วยเบส ในขณะที่กลุ่ม OPfp (Pentafluorophenyl) ช่วยเพิ่มประสิทธิภาพในการเกิดปฏิกิริยาเอสเทอริฟิเคชันกับกรดอะมิโนหรือเปปไทด์อื่น ๆ ทำให้กระบวนการเชื่อมต่อเปปไทด์เป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพและรวดเร็ว นอกจากนี้ยังใช้ในการสร้างโมเลกุลทางชีวภาพที่ซับซ้อนและในการวิจัยทางเภสัชวิทยาเพื่อพัฒนายาใหม่ ๆ