สารประกอบนี้ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะกลุ่มปกป้องสำหรับกรดอะมิโน กลุ่ม Boc (tert-butyloxycarbonyl) ช่วยปกป้องกลุ่มอะมิโนระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ ในขณะที่กลุ่ม Bzl (benzyl) ปกป้องกลุ่มไฮดรอกซิล โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีประโยชน์ใน solid-phase peptide synthesis (SPPS) เพื่อให้มั่นใจในการเกิดปฏิกิริยาแบบเลือกสรรและป้องกันปฏิกิริยาไม่พึงประสงค์ หลังจากประกอบสายเปปไทด์แล้ว กลุ่ม Boc และ Bzl สามารถถูกกำจัดออกภายใต้สภาวะเฉพาะ ซึ่งช่วยให้ได้ผลิตภัณฑ์เปปไทด์สุดท้าย การนำไปใช้มีบทบาทสำคัญในการผลิตเปปไทด์ที่มีความบริสุทธิ์สูงและลำดับที่แม่นยำ ซึ่งจำเป็นต่อการวิจัยเภสัชภัณฑ์และการพัฒนายา