Hydroxybutyl-β-cyclodextrin ใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมยาเพื่อเพิ่มการละลายของสารออกฤทธิ์ที่ไม่ละลายน้ำได้ดี โดยการสร้างสารประกอบเชิงซ้อน (inclusion complex) ซึ่งช่วยเพิ่มประสิทธิภาพทางชีวเภสัชวิทยาและความเสถียรของยา ทำให้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนายาแบบฉีดและยารับประทาน

ในด้านการนำยาเข้าสู่ร่างกาย ใช้ในการสร้างระบบปล่อยยาควบคุม เพื่อให้สารออกฤทธิ์ถูกปล่อยออกมาอย่างค่อยเป็นค่อยไป ซึ่งช่วยรักษาระดับยาที่มีประสิทธิภาพในร่างกาย ลดความถี่ในการให้ยา

นอกจากนี้ ยังใช้ในน้ำยาหยอดตาเพื่อเพิ่มการละลายและการดูดซึมของสารออกฤทธิ์ในยาหยอดตา ซึ่งช่วยให้การรักษาโรคตาต่างๆ มีประสิทธิภาพ

ในด้านเทคโนโลยีชีวภาพ ทำหน้าที่เป็นสาร стабилизатор สำหรับโปรตีนและเปปไทด์ ปกป้องจากความเสื่อมสภาพและรักษาคุณสมบัติการทำงานระหว่างการเก็บรักษาและการนำส่ง

ความสามารถในการห่อหุ้มและละลายโมเลกุลที่ไม่ชอบน้ำยังนำไปใช้ในเครื่องสำอาง เพื่อปรับปรุงการนำส่งและความเสถียรของสารออกฤทธิ์ในผลิตภัณฑ์ดูแลผิว

นอกจากนี้ ยังใช้ในกระบวนการแยกสารเคมีเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการแยกและทำให้บริสุทธิ์ของสารเป้าหมาย และในทางด้านการวิจัย เป็นตัวช่วยในการศึกษาปฏิกิริยาและคุณสมบัติของโมเลกุลต่างๆ