สารเบต้า-เอ็นโดซัลแฟน ใช้เป็นสารกำจัดศัตรูพืชในเกษตรกรรม โดยเฉพาะในการควบคุมแมลงศัตรูพืชชนิดต่างๆ เช่น เพลี้ย หนอนเจาะลำต้น และแมลงกัดกินใบ ในพืชเศรษฐกิจหลายชนิด เช่น ข้าว ผัก ฝ้าย และพืชไร่ สารนี้ออกฤทธิ์โดยการทำลายระบบประสาทของแมลง ทำให้แมลงเป็นอัมพาตและตายในที่สุด เนื่องจากมีฤทธิ์แรงและย่อยสลายได้ช้า สารนี้จึงอาจสะสมในสิ่งแวดล้อมและก่อให้เกิดผลกระทบต่อสัตว์น้ำ นก และสิ่งมีชีวิตอื่นๆ รวมถึงอาจเป็นอันตรายต่อมนุษย์หากสัมผัสในปริมาณมาก จึงมีการควบคุมการใช้หรือห้ามใช้ในหลายประเทศ ปัจจุบัน การใช้เบต้า-เอ็นโดซัลแฟนถูกลดลงอย่างมาก และมีการเปลี่ยนไปใช้สารกำจัดศัตรูพืชทางเลือกที่ปลอดภัยกว่าและเป็นมิตรต่อสิ่งแวดล้อมมากขึ้น