สารเบต้า-เอ็นโดซัลแฟน ใช้เป็นสารกำจัดศัตรูพืชในภาคเกษตรกรรม โดยเฉพาะในการควบคุมแมลงศัตรูพืชที่มีความรุนแรง เช่น เพลี้ย หนอนเจาะลำต้น และแมลงกัดกินใบในพืชเศรษฐกิจหลายชนิด เช่น ข้าว ฝ้าย มันสำปะหลัง และผักบางชนิด สารนี้ออกฤทธิ์โดยการทำลายระบบประสาทของแมลง ทำให้แมลงเป็นอัมพาตและตายในที่สุด เนื่องจากมีฤทธิ์แรงและย่อยสลายได้ช้า สารนี้จึงมีประสิทธิภาพในการป้องกันพืชได้ระยะหนึ่ง แต่ก็มีความเสี่ยงต่อสิ่งแวดล้อมและสุขภาพมนุษย์สูง จึงถูกควบคุมหรือห้ามใช้ในหลายประเทศ รวมถึงประเทศไทยที่ได้ประกาศห้ามใช้สารเอนโดซัลแฟนทุกชนิดมาตั้งแต่ปี พ.ศ. 2555 เนื่องจากมีพิษรุนแรง สะสมในสิ่งมีชีวิต และก่อให้เกิดผลกระทบต่อระบบนิเวศและสุขภาพในระยะยาว