สารเบต้า-เอ็นโดซัลแฟน ใช้เป็นสารกำจัดศัตรูพืชในภาคเกษตรกรรม โดยเฉพาะในการควบคุมแมลงศัตรูพืชที่มีความต้านทานต่อสารเคมีชนิดอื่น เช่น เพลี้ย หนอนเจาะลำต้น และแมลงวันผลไม้ นิยมใช้กับพืชเศรษฐกิจ เช่น ข้าว ฝ้าย มันสำปะหลัง และผักบางชนิด สารนี้ออกฤทธิ์โดยการรบกวนระบบประสาทของแมลง ทำให้แมลงเป็นอัมพาตและตายในที่สุด เนื่องจากมีฤทธิ์แรงและย่อยสลายช้าในสิ่งแวดล้อม จึงมีความเสี่ยงต่อสิ่งมีชีวิตอื่นและสิ่งแวดล้อม โดยเฉพาะน้ำและสัตว์น้ำ ทำให้หลายประเทศมีการจำกัดหรือห้ามใช้สารนี้อย่างเข้มงวด ในทางปฏิบัติ ควรใช้สารนี้ภายใต้การควบคุมอย่างเคร่งครัด หลีกเลี่ยงการปนเปื้อนในดินและแหล่งน้ำ และต้องปฏิบัติตามมาตรการด้านความปลอดภัยเพื่อป้องกันอันตรายต่อผู้ใช้และผู้บริโภค