สารเบต้า-เอนโดซัลแฟน ใช้เป็นสารกำจัดศัตรูพืชประเภทอินทรีย์คลอรีน ซึ่งมีประสิทธิภาพในการควบคุมแมลงศัตรูพืชหลายชนิด โดยเฉพาะแมลงกัดกินและดูดกินในพืชเศรษฐกิจ เช่น ข้าว ฝ้าย มันสำปะหลัง และผักชนิดต่างๆ สารนี้ทำงานโดยทำลายระบบประสาทของแมลง ทำให้แมลงเป็นอัมพาตและตายในที่สุด เนื่องจากมีฤทธิ์ฆ่าแมลงได้ดีและคงตัวในสิ่งแวดล้อมค่อนข้างนาน จึงเคยถูกใช้อย่างแพร่หลายในภาคเกษตรกรรม อย่างไรก็ตาม สารนี้มีพิษสูงต่อมนุษย์และสัตว์ มีศักยภาพในการสะสมในร่างกายและสิ่งแวดล้อม รวมถึงก่อให้เกิดผลกระทบต่อระบบนิเวศและสุขภาพในระยะยาว จึงถูกห้ามใช้หรือจำกัดการใช้ในหลายประเทศภายใต้ความตกลงสต็อกโฮล์มว่าด้วยสารเคมีอันตราย ปัจจุบัน การใช้สารเบต้า-เอนโดซัลแฟนถูกระงับหรือยกเลิกในหลายพื้นที่ และมีการส่งเสริมให้ใช้สารกำจัดศัตรูพืชทางเลือกที่ปลอดภัยและย่อยสลายได้ง่ายแทน