ใช้หลักๆ เป็นสารกลางในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการผลิตยาแก้แพ้ (antihistamines) และยาแก้ปวดอักเสบที่ไม่ใช่สเตียรอยด์ (NSAIDs) โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถปรับเปลี่ยนได้อย่างมีประสิทธิภาพเพื่อสร้างสารยาที่มีฤทธิ์ โดยเฉพาะยาที่ขัดต่อปฏิกิริยาการแพ้และการอักเสบ กลุ่มไซโคลเพนทิลช่วยเพิ่มลิโพฟิลิกซ์ (lipophilicity) ทำให้การซึมผ่านเนื้อเยื่อและไบโออวэйลเบิลิตี (bioavailability) ในสูตรยาสุดท้ายดีขึ้น นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนาสารบล็อกกิ่งไคラルสำหรับการสังเคราะห์แบบอะซิมเมตริกในเคมีทางการแพทย์