Nε-Trifluoroacetyl-L-lysine ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะกลุ่มปกป้องสำหรับกลุ่ม ε-อะมิโนของไลซีน การปรับเปลี่ยนนี้ช่วยป้องกันปฏิกิริยาไม่พึงประสงค์ระหว่างการก่อตัวของพันธะเปปไทด์ ทำให้กระบวนการสังเคราะห์ดำเนินไปอย่างราบรื่นและมีประสิทธิภาพ โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีคุณค่าต่อการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสของแข็ง ซึ่งการปกป้องและถอดกลุ่มปกป้องอย่างเลือกเฉพาะเป็นสิ่งสำคัญในการสร้างลำดับเปปไทด์ที่ซับซ้อน นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในงานวิจัยทางชีวเคมี เพื่อช่วยในการศึกษาโครงสร้างและหน้าที่ของโปรตีนโดยการปรับเปลี่ยนเรสดูไลซีนได้อย่างแม่นยำ ความเสถียรภายใต้สภาวะปฏิกิริยาต่างๆ ทำให้เป็นตัวเลือกที่เชื่อถือได้สำหรับการศึกษาทางเคมีและชีววิทยาขั้นสูง