ใช้หลักๆ ในงานวิจัยเป็นส่วนประกอบในการสังเคราะห์เปปไทด์ สนับสนุนการสร้างโครงสร้างเปปไทด์ขนาดใหญ่ที่มีกรดอะมิโนที่ถูกดัดแปลง กลุ่มอะมิโนที่ถูกเมทิลไฮด์เพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและความต้านทานต่อการย่อยสลายโดยเอนไซม์ ทำให้มีคุณค่าในการพัฒนาเปปไทด์ชีวภาพที่มีโปรไฟล์เภสัชจลนศาสตร์ที่ดีขึ้น ยังใช้ในการศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรม (SAR) เพื่อประเมินผลของการเมทิลไฮด์ N ต่อการประกอบตัวของเปปไทด์ การจับกับตัวรับ และกิจกรรมทางชีวภาพ เนื่องจากมีหน้าที่อะไมด์และอะมิโน จึงเข้าร่วมในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสของแข็งและปฏิกิริยาการจับคู่แบบเฟสละลาย รูปแบบเกลือไฮโดรคลอไรด์ช่วยเพิ่มความละลายและการจัดการในสภาพแวดล้อมน้ำ