ซัลเฟตซินโคนีนไดไฮเดรตใช้หลักๆ ในอุตสาหกรรมยาเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์ยาต้านมาลาเรียต่างๆ มีบทบาทสำคัญในการผลิตอนุพันธ์ควินีน ซึ่งมีประสิทธิภาพในการรักษามาลาเรีย นอกจากนี้ ยังใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยเป็นสารช่วยแยกเอ็นแอนติโอเมอร์ (chiral resolving agent) ในการสังเคราะห์อินทรีย์ การประยุกต์ใช้ขยายไปสู่ชีวเคมี โดยใช้ในการศึกษาการยับยั้งเอนไซม์และกลไกการจับกับตัวรับ ในเคมีวิเคราะห์ ใช้เป็นสารมาตรฐานหรือสารอ้างอิงในวิธีโครมาโทกราฟีสำหรับการวิเคราะห์เชิงคุณภาพและเชิงปริมาณ