ใช้ในการรักษาโรคแผลในกระเพาะอาหารและลำไส้เล็กส่วนต้น โดยช่วยลดการหลั่งกรดในกระเพาะอาหาร ทำให้อาการแสบหรือปวดท้องดีขึ้น ช่วยให้แผลหายเร็วขึ้น และป้องกันการกลับมาเป็นซ้ำ นอกจากนี้ยังใช้รักษาภาวะกรดไหลย้อนที่ทำให้เกิดอาการแสบร้อนที่หน้าอก (heartburn) โดยเฉพาะในผู้ป่วยที่มีอาการเรื้อรังหรือเป็นบ่อย นิซาทิดีนออกฤทธิ์โดยการบล็อกฮิสตามีนที่ตัวรับ H2 ซึ่งช่วยลดปริมาณกรดที่กระเพาะผลิตได้อย่างมีประสิทธิภาพ