เบโนดานิลใช้หลักในฐานะสารกำจัดเชื้อราในทางปฏิบัติทางการเกษตรเพื่อปกป้องพืชผลจากโรคเชื้อรา มันมีประสิทธิภาพโดยเฉพาะต่อโรคที่เกิดจาก Basidiomycetes เช่น โรคสนิมและโรคไหม้ ซึ่งมักกระทบต่อธัญพืชและพืชอื่นๆ โดยการยับยั้งการหายใจของเชื้อรา เบโนดานิลช่วยป้องกันการแพร่กระจายของโรคเหล่านี้ ทำให้พืชเจริญเติบโตดีขึ้นและผลผลิตเพิ่มขึ้น การใช้งานมักผ่านการพ่นใบเพื่อให้สัมผัสโดยตรงกับพื้นผิวพืชที่เชื้อโรคเชื้อรามีกิจกรรมมากที่สุด วิธีการแบบกำหนดเป้าหมายนี้ช่วยลดความเสียหายต่อพืช ขณะที่ควบคุมการระบาดของเชื้อราได้อย่างมีประสิทธิภาพ ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าในทางปฏิบัติการเกษตรที่ยั่งยืน นอกจากนี้ยังสามารถใช้ในระบบการจัดการโรคพืชแบบบูรณาการเพื่อลดการใช้สารเคมีอื่นๆ ที่อาจมีผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อม