ฮีมาโตซิลินเป็นสารสีที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในทางจุลพยาธิวิทยาและเนื้อเยื่อวิทยา โดยเฉพาะในการย้อมสีเนื้อเยื่อเพื่อการศึกษาโครงสร้างของเซลล์และเนื้อเยื่อภายใต้กล้องจุลทรรศน์ มันมักใช้ร่วมกับสารย้อมสีอื่นๆ เช่น อีโอซิน เพื่อให้ได้ภาพที่ชัดเจนของนิวเคลียสและโครงสร้างอื่นๆ ในเซลล์ นอกจากนี้ ฮีมาโตซิลินยังใช้ในการวินิจฉัยโรคต่างๆ เช่น มะเร็ง โดยการย้อมสีชิ้นเนื้อเพื่อตรวจหาความผิดปกติของเซลล์ มันยังมีบทบาทสำคัญในการวิจัยทางชีววิทยาและทางการแพทย์ เพื่อศึกษากระบวนการทางชีววิทยาในระดับเซลล์และโมเลกุล ในทางปฏิบัติ ฮีมาโตซิลินช่วยให้นักพยาธิวิทยาและนักวิจัยสามารถแยกแยะและวิเคราะห์โครงสร้างของเนื้อเยื่อได้อย่างแม่นยำ ทำให้เป็นเครื่องมือที่สำคัญในการวินิจฉัยและวิจัยทางวิทยาศาสตร์