เฮมาโตซิลินเป็นสารที่ใช้อย่างกว้างขวางในทางจุลพยาธิวิทยาและทางคลินิก โดยหลักแล้วใช้ในการย้อมสีเนื้อเยื่อเพื่อการตรวจสอบทางจุลทรรศน์ ช่วยในการระบุโครงสร้างของเซลล์และเนื้อเยื่อได้อย่างชัดเจน โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการย้อมนิวเคลียสของเซลล์ให้เป็นสีน้ำเงินหรือสีม่วง ทำให้สามารถแยกแยะส่วนต่าง ๆ ของเซลล์ได้ง่ายขึ้น นอกจากนี้ยังใช้ในการวินิจฉัยโรคต่าง ๆ เช่น มะเร็ง และการติดเชื้อ โดยการตรวจสอบลักษณะของเซลล์ที่ผิดปกติ เฮมาโตซิลินจึงเป็นเครื่องมือสำคัญในการวิจัยทางชีววิทยาและการแพทย์ เพื่อช่วยในการเข้าใจและวินิจฉัยโรคได้อย่างแม่นยำ