สารละลายมาตรฐานไอออนฟลูออไรด์ถูกใช้เป็นตัวอ้างอิงในการวิเคราะห์ปริมาณฟลูออไรด์ในตัวอย่างต่าง ๆ โดยทั่วไปใช้ในห้องปฏิบัติการตรวจสอบคุณภาพน้ำดื่ม น้ำที่ผ่านการบำบัด และผลิตภัณฑ์ทางทันตกรรม เช่น ยาสีฟันและน้ำบ้วนปาก เพื่อให้มั่นใจว่ามีปริมาณฟลูออไรด์อยู่ในระดับที่ปลอดภัยและมีประโยชน์ต่อสุขภาพฟัน นอกจากนี้ ยังใช้ในการสอบเทียบเครื่องมือวิเคราะห์ เช่น เครื่องวัดศักย์ไฟฟ้าของไอออน (ion-selective electrode) ซึ่งช่วยให้การวัดค่าฟลูออไรด์มีความแม่นยำและเชื่อถือได้ โดยเฉพาะในงานควบคุมคุณภาพในอุตสาหกรรมน้ำดื่มและเภสัชกรรม ในงานวิจัย สารละลายนี้ยังใช้เพื่อศึกษาพฤติกรรมของฟลูออไรด์ในสิ่งแวดล้อม และประเมินความเสี่ยงจากการได้รับฟลูออไรด์ในระดับสูงเกินไป ซึ่งอาจก่อให้เกิดปัญหาสุขภาพ เช่น โรคฟันเป็นจุดขาวหรือกระดูกผิดปกติ